Fue hasta el 17 de agosto de 2002, cuando por fin, después de la remodelación del Estadio Víctor Manuel Reyna, la "Cueva Naranja" pudo ser testigo del primer juego de los Jaguares en territorio chiapaneco. El estadio registró así su primer lleno ante el Club Deportivo Guadalajara, en un empate a un gol por bando, siendo Felipe Ayala el artífice del tanto chiapaneco. Primer gol de los felinos en su casa.                                                                                                                                                            El 27 de junio de 2002 es una fecha histórica para el fútbol en Chiapas. Fue precisamente el gobernador de ese tiempo, Pablo Salazar Mendiguchía, quien culminó el anhelo de entusiastas amantes del fútbol chiapaneco. Ese día, el presidente del Grupo Pegaso, licenciado Alejandro Burillo, llevó la franquicia proveniente de Veracruz para cederla a Chiapas en un convenio de sociedad con el citado mandatario. Pablo Salazar, debe mencionarse, fue antes de llegar a la gobernatura, un dirigente del fútbol chiapaneco que siempre luchó por tener un equipo profesional. Durante varios años fue presidente del equipo de Chiapas que competia en Segunda División y sus esfuerzos fueron leales al fútbol.

El 28 de Julio del 2002 a exactamente 1 mes y un día de su fundación, derrota 2-1 a Real Sociedad de Zacatecas y obtiene el primer título de su historia, la Copa Corona celeEl primer juego del equipo tuvo que llevarse a cabo en el Estadio Azul, casa del club capitalino Cruz Azul, debido a que el Estadio Víctor Manuel Reyna se encontraba en remodelación y ampliación. En la jornada 1 los Jaguares enfrentaron a Tigres de la Universidad Autónoma de Nuevo León, perdiendo por marcador de 3-1, siendo esto una grata bienvenida por parte del club neolonés al equipo chiapaneco a la Primera División. El primer gol en la historia del equipo fue obra del argentino Lucio Filomenobrada en la ciudad de Zacatecas